一、組織

本聯盟沿襲「手護台灣大聯盟」的運作模式，置總召集人、決策委員、執行委員等職，決策委員會議為本聯盟最高決策機構，負責決定組織運作方針及重大事務，現有二十三位決策委員，殊具民間社團之代表性。其中個人委員十七位，有姚嘉文、黃昭堂、辜寬敏、吳樹民、羅榮光、王康厚、田孟淑、李勝雄、高俊明、張貴木、黃天麟、陳茂雄、陳隆志、黃崑虎、蔡同榮、魏瑞明、郭生玉；團體委員六位，分別是呂芳茗(二十一世紀婦女會)、林琇梨(水噹噹姐妹聯盟)、蔡丁貴(台灣教授協會)、吳麗慧(台灣教師聯盟)、許承道(台灣基督長老教會總會)、張合助(台灣國家山岳協會)。

總召集人一職，係由長年為台灣奮戰不懈的姚嘉文先生出任，姚總召集人於2008年8月底卸任考試院長後，全力投入本聯盟，扮演整合與協調角色，持續引領民間社會監督政府。

二、識別

本聯盟的識別符號，仍沿續「手護台灣」的意象，採用抽象化的「手」字保護台灣的圖案，並沿用不同族群、性別、年齡、行業攜手相扶的圖樣，象徵全民團結；另外，本聯盟的英文名稱Taiwan Nation Alliance(TNA)及三大目標，亦置入LOGO中，俾強化「手護台灣大聯盟」與「台灣國家聯盟」的傳承意涵，並加深社會大眾的印象。

(二)旗幟

本聯盟舉辦活動時，除使用上圖製成的旗幟外，亦使用台灣旗(如下)。